Nama beliau adalah Abu Haji Muhammad Yusuf bin Teungku Ibrahim bin Teungku Mahmud, lahir dari keturunan ulama dan pimpinan dayah di wilayah Aceh Timur.
Beliau masih keturunan salah seorang ulama Timur Tengah yang bernama Teungku Salahuddin yang dikenal dengan sebutan Teungku Chik Keurukon yang berasal dari Yaman. Selain dari jalur ayahnya yang ulama, ibunya juga anak dari seorang ulama dan tokoh masyarakat yang disebut dengan Teungku Chik Mud Julok.
Mengawali masa belajarnya, Abu Muhammad Yusuf Kruet Lintang belajar langsung kepada ayahnya yang juga seorang ulama dan ahli agama. Namun kebersamaan dengan sang ayah tidak lama karena dalam usia sepuluh tahun wafatlah ayah dari Abu Muhammad Yusuf Kruet Lintang.
Setelah wafat ayahnya, beliau kemudian dibimbing oleh pamannya Teungku Usman bin Teungku Mahmud yang juga seorang ulama dan pimpinan dayah.
Setelah beberapa lama belajar pada pamannya, sambil belajar siang harinya di Sekolah Rakyat, Abu Muhammad Yusuf Kruet Lintang kemudian melanjutkan pengajiannya ke Dayah Cot Plieng Bayu yang dipimpin oleh Teungku Cut Ahmad, namun tidak lama beliau di dayah ini, karena beberapa bulan setelahnya syahidlah pimpinan Dayah Cot Plieng dalam satu peperangan dengan Jepang.
Abu Muhammad Yusuf Kruet Lintang kemudian melanjutkan kajian keilmuannya ke Dayah Kruengkalee yang dipimpin oleh Teungku Syekh Haji Muhammad Hasan Kruengkalee atau yang dikenal dengan Abu Krueng Kalee.
Abu Kruengkalee merupakan ulama lulusan Yan Kedah Malaysia, murid dari Teungku Chik Muhammad Arsyad Diyan, dan pernah belajar selama lebih kurang tujuh tahun di Mekkah kepada beberapa ulama termasuk Syekh Sayyid Ahmad Bakhri Syatta dan Syekh Yusuf Nabhani. Kepada Abu Kruengkalee, Abu Muhammad Yusuf Kruet Lintang memperdalam ilmu yang telah beliau pelajari sebelumnya dari almarhum ayah dan pamannya.
Abu Kruengkalee sendiri adalah syekhul masyayikh atau maha guru ulama Aceh periode awal, sebelum eranya Abuya Syekh Muda Waly. Karena selain Abu Muhammad Yusuf Kruet Lintang, Abu Kruengkalee juga telah mengorbit banyak ulama terpandang Aceh.