Beliau berasal dari keturunan ulama dan bangsawan Aceh. Ayahnya Datu Muhammad yang dikenal dengan Teungku Asahan adalah seorang bangsawan Aceh. Adapun ibunya Teungku Fatimah ialah anak dari Ulama dan Pimpinan Dayah Lam Pucok yaitu Teungku Muhammad Saad yang dikenal dengan Teungku Chik Lam Pucok atau Teungku Chik Di Lam Krak yang merupakan guru dari pahlawan besar Teungku Chik Di Tiro Muhammad Saman.
Karena Teungku Chik Di Tiro sebelum berangkat ke Mekkah pernah dua tahun memperdalam keilmuannya kepada Teungku Chik Lam Krak yang tidak lain kakek dari Teungku Fakinah dari jalur ibunya.
Teungku Fakinah diperkirakan lahir di tahun 1856 di Desa Lam Diran Gampong Lambeunot Kemukiman Lam Krak Aceh Besar. Melihat kepada tahun kelahiran Teungku Fakinah, beliau lebih muda dari para ulama lainnya seperti Teungku Chik Di Tiro, Teungku Chik Pantee Kulu dan Teungku Chik Pantee Geulima. Mengawali jejak keilmuannya, Teungku Fakinah belajar langsung kepada kedua orangtua yang juga ulama.
Beliau belajar membaca Al-Qur’an dan kitab kitab jawo langsung kepada ibunya. Selain itu, Teungku Fakinah juga diajarkan cara menenun pakaian, memasak dan menjahit.
Sedangkan kepada ayahnya, Teungku Fakinah mempelajari berbagai macam cabang keilmuan dengan memakai kitab-kitab Arab, yang mengantarkan beliau menjadi seorang yang alim, sehingga masyarakat Aceh mengenalnya dengan Teungku Fakinah.
Setelah dewasa pada tahun 1872, satu tahun sebelum perang Belanda beliau menikah dengan seorang ulama muda Teungku Ahmad yang dikenal dengan Teungku Aneuk Glee. Bersama suaminya Teungku Fakinah mulai merintis pembangunan dayah yang dibantu pembiayaan oleh ayah Teungku Fakinah.
Di dayah yang baru dibangun, Teungku Aneuk Glee mengajar santri laki-laki, sedangkan Teungku Fakinah mengajar santri perempuan.
Baru satu tahun suasana berjalan, maka meletuslah perang Aceh di tahun 1873, dimana Belanda mengultimatum Sultan Aceh untuk mengakui kedaulatan Belanda.
Semenjak tahun 1873 peperangan Aceh pun bermula. Kerugian kedua belah pihak sangat besar, dan banyak para pejuang yang syahid di medan pertempuran untuk menghadapi agresi Belanda salah satunya adalah Teungku Ahmad Aneuk Glee suami dari Teungku Fakinah.
