Sempat istirahat sebentar dari dunia politik dan memilih menjadi akademisi, Anwar kembali memimpin koalisi oposisi dalam pemilu Malaysia tahun 2013. Koalisi pimpinannya meraup 50,87 persen suara populer, namun gagal mendapatkan jumlah kursi yang cukup untuk mendominasi parlemen.
Dia kembali dijebloskan ke penjara atas tuduhan sodomi untuk kedua kalinya tahun 2015. Kali ini, Anwar dijatuhi hukuman lima tahun penjara, saat usianya menginjak 70 tahun. Selama dipenjara, Anwar bersikeras menyatakan dirinya tidak bersalah.
Akhirnya, Anwar menerima pengampunan penuh dari Raja Malaysia setelah menjalani masa hukuman selama tiga tahun penjara. Dia kembali ke parlemen beberapa bulan kemudian setelah memenangkan kursi parlemen dalam pemilu sela.
Dalam pemilu tahun 2018, Anwar sepakat berkoalisi dengan Mahathir setelah keduanya berbaikan. Koalisi keduanya, yang disebut Pakatan Harapan, berhasil menumbangkan koalisi Barisan Nasional dan Najib Razak dari kursi PM Malaysia di tengah skandal korupsi 1MDB yang menjeratnya.
Mahathir terpilih menjadi PM Malaysia untuk kedua kalinya usai koalisinya dengan Anwar memenangkan pemilu. Saat itu ada kesepakatan untuk Mahathir menyerahkan kursi PM kepada Anwar setelah beberapa waktu. Namun kesepakatan itu tidak pernah terwujud dan koalisi keduanya hancur setelah 22 bulan.
Anwar lagi-lagi gagal menjadi PM Malaysia. Namun akhirnya, dalam pemilu 19 November 2022, koalisi Pakatan Harapan yang dipimpin Anwar berhasil meraup kursi parlemen terbanyak, dengan 82 kursi, dibandingkan koalisi Perikatan Nasional yang dipimpin Muhyiddin Yassin dengan 73 kursi.
Tapi jumlah kursi itu tidak mencapai ambang batas 112 kursi — dari total 222 kursi parlemen — yang dibutuhkan untuk bisa membentuk pemerintahan baru dan menunjuk PM Malaysia selanjutnya. Kebuntuan politik kembali terjadi di Malaysia, hingga memicu Raja Malaysia untuk turun tangan mencari penyelesaiannya.
Setelah beberapa hari melakukan pertimbangan, mulai dari memanggil Anwar dan Muhyiddin ke Istana Negara hingga menggelar sidang khusus dengan sembilan Raja-raja Melayu, Raja Malaysia atau Yang di-Pertuan Agong Al-Sultan Abdullah Ri’ayatuddin Al-Mustafa Billah Shah akhirnya setuju menunjuk Anwar menjadi PM.
