Pada 2006, posisinya sebagai Rektor resmi digantikan oleh Prof Dr Komaruddin Hidayat.
Dalam rapat senat yang dipimpinnya sendiri, Komarudin Hidayat terpilih menggantikannya dengan mengalahkan dua kandidat lainnya.
Mei 2002, nama Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Jakarta berubah jadi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
Ini kelanjutan ide Rektor terdahulu, Prof Dr Harun Nasution, yang menginginkan lulusan IAIN haruslah orang yang berpikiran rasional, modern, demokratis, dan toleran.
Laki-laki kelahiran Lubuk Alung, Padangpariaman, Sumatera Barat, pada 4 Maret 1955 ini kerap muncul mengomentari isu yang berkaitan dengan Islam dan demokrasi.
Selain penghargaan akademis, dia juga menjadi orang Indonesia pertama yang menerima gelar kehormatan Commander of the Order of British Empire pada 2010.
Dengan demikian, Azyumardi Azra dianggap sebagai salah satu bangsawan di Inggris dan berhak menyandangkan singkatan CBE dan panggilan ‘Sir’ pada namanya.
Tujuh tahun kemudian (2017), Azyumardi Azra mendapatkan Orde Matahari Terbit: Kelas Bintang Emas dan Perak (Order of Rising Sun: Gold and Silver Star) yang merupakan tingkat tertinggi tanda jasa itu, dari Kaisar Jepang saat itu, Akihito (Heisei).
Orde Matahari Terbit adalah tanda jasa pertama yang dianugerahkan Jepang pada 1876 sewaktu Kaisar Meiji, kaisar yang mencanangkan Restorasi Meiji tahun 1868 bertakhta.
Latar belakang pendidikan Azyumardi Azra amat beragam.
Mulanya, Azyumardi Azra tidak berobsesi atau bercita-cita menggeluti studi keislaman.
Sebab, dia lebih berniat memasuki bidang pendidikan umum di IKIP.
Akan tetapi, setelah sang ayah mendesak, Azyumardi Azra masuk ke IAIN sehingga kini dikenal sebagai tokoh intelektual Islam Indonesia.
Seusai lulus dari Fakultas Tarbiyah Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Jakarta (kini UIN Syarif Hidayatullah Jakarta), Azyumardi Azra melanjutkan pendidikannya ke Departemen Bahasa dan Budaya Timur Tengah di Universitas Columbia.
Pendidikan itu mendapat bantuan dari beasiswa Fullbright pada 1988.
Setahun kemudian, Azyumardi Azra pun memperoleh beasiswa Columbia President Fellowship sehingga berkesempatan untuk belajar di fakultas sejarah pada universitas yang sama.
