Setelah menjadi seorang sarjana, ia terus bermimpi melanjutkan pendidikan ke jenjang Magister. Segala cara telah dilakukan, mulai dari belajar soal tes TOEFL hingga menginap di Lembaga Pengembangan Bahasa (LDC) IAIN Ar-Raniry agar bisa lebih memahami soal TOEFL yang nantinya digunakan sebagai syarat mendaftar beasiswa S2.
Berkat doa dari kedua orangtuanya dan usaha yang tidak kenal lelah, akhirnya membuahkan hasil menggembirakan. Ia memperoleh beasiswa StuNED (Student Netherland) untuk melanjutkan jenjang Master di Educational and Training System Design (M.Sc) di University of Twente, Belanda tahun 2001.
Selanjutnya ia mengambil gelar Master untuk kedua kalinya di University of Leiden, Belanda pada program Islamic Studies (MA) tahun 2003 dengan beasiswa dari INIS (Indonesian Coorperation in Islamic Studies).
Ketika di Belanda, Abdul Manan tidak datang hanya untuk belajar di kampus saja, di sela-sela waktu luangnya ia memutuskan untuk bekerja part time di rumah makan dan pasar malam di Den Haag Belanda. Uang dari hasil kerja ini tidak dinikmatinya sendiri, melainkan ditabung untuk modal memberangkatkan haji ibundanya tahun 2003 sebelum ia menikah. Apa yang telah dilakukannya ini semakin memudahkan jalan dan rezeki Abdul Manan ketika menimba ilmu di Eropa selama lebih kurang 9 tahun.
Setelah pulang dari Eropa, ia kemudian diangkat sebagai dosen PNS di Fakultas Syariah dan Hukum IAIN Ar-Raniry dalam bidang Metodologi Studi Islam tahun 2003-2012. Semangat belajar yang dipegang Abdul Manan ini kemudian mengantarnya untuk kembali berkesempatan pergi ke Eropa.
Kali ini ia mendapatkan beasiswa DAAD (Deutscher Akademischer Austauschdienst) untuk mengambil gelar (Dr. Phil) di dalam bidang Ethnology-Antropologi Social di Westfalische Wilhems Universitat Munster, Jerman tahun 2010.
Ia menyelesaikan doktor dengan nilai magna cumlaude (di atas cumlaude), disertasinya yang berjudul “Ritual Kalender Aneuk Jamee di Aceh Selatan” ini mendapat pujian sangat luar biasa dari para profesor penguji di sana.
