Untuk memperdalam ilmunya, setelah tamat di dayah tersebut, Saifullah Idris melanjutkan pendidikan tinggi ke UIN Ar-Raniry (dahulu IAIN Ar-Raniry) pada Fakultas Tarbiyah Jurusan Bahasa Arab hingga menuntaskan jenjang Strata Satu (S-1), kemudian melanjutkan pendidikan S-2 dan S-3 (doktoral) di UIN Sunan Kalijaga, Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY).
Namun, kini Prof Saifullah telah dicopot dari jabatan Wakil Rektor III sebelum berakhir masa jabatan 2026, oleh Rektor Prof Mujiburrahman yang pernah menjadi rivalnya saat pemilihan rektor tahun 2022.
