Ibrahim menikah dengan Najwa Shihab pada tahun 1997. Dari pernikahan tersebut, mereka dikaruniai dua anak, yakni Izzat Assegaf dan Namiyah binti Ibrahim Assegaf.
Sayangnya, Namiyah meninggal dunia hanya beberapa jam setelah dilahirkan pada 15 Desember 2011.
Jenazah Ibrahim disemayamkan di kediaman keluarga di Cilandak Timur, Jakarta Selatan, dan dimakamkan pada Rabu, 21 Mei 2025, di TPU Jeruk Purut, Jakarta.
