Dia dilahirkan di kota Manado 30 November 1970.
Keluarganya berdarah Minahasa yang taat pada agama Kristen.
Ustad Yahya Waloni diketahui pernah terdaftar sebagai pemuka agama pada Badan Pengelola Am Sinode GKI di Tanah Papua, Wilayah VI Sorong-Kaimana.
Ustaz Yahya Waloni mendapat julukan sebagai Ustad Pansos (Panjat Sosial) dari aktivis medsos Denny Siregar.
Dia diketahui pernah menjabat sebagai Ketua atau Rektor Sekolah Tinggi Theologia (STT) Calvinis Ebenhaezer di Sorong tahun 1997-2004.
Dia pernah menetap di Sorong sejak tahun 1997 – 2004 karena pindah ke Balikpapan.
Di sana, dia menjadi dosen di Universitas Balikpapan (Uniba) sampai tahun 2006.
Pada 2006, Ustad Yahya Waloni pindah ke Kota Cengkeh, Tolitoli.
Di Tolitoli, dia mendapatkan bimbingan ikrar syahadat dari Ketua Majelis Ulama Indonesia (MUI).
Yahya Waloni pernah ditangkap kasus ujaran kebencian yang didasarkan Suku, Agama, Ras dan Antargolongan (SARA).
Ia ditangkap di rumahnya di Cibubur, Jakarta Timur, Kamis (26/8/2021).
Ceramah Ustaz Yahya dipersoalkan usai menyebut injil sebagai fiktif alias palsu.
Hal ini dianggap sebagai tindakan ujaran kebencian berdasarkan SARA.
Ustaz Yahya Waloni dianggap melanggar Undang-undang nomor 19 Tahun 2016 tentang Perubahan atas Undang-undang nomor 11 Tahun 2008 tentang Informasi dan Transaksi Elektronik (ITE).
Selain itu, dia diduga melanggar Pasal 45A jo Pasal 28 ayat (1) dan atau Pasal 156a KUHP.
