Pada tahun 2001 Safrizal hijrah ke Jakarta tepatnya ke Kementerian Dalam Negeri Republik Indonesia. Mengawali debut karier sebagai Kasi Aceh dan DKI Jakarta-Subdit Otonomi Khusus Ditjen Otda Depdagri.
Serangkaian tour of duty di lingkungan Kemendagri telah dijalaninya, sehingga membuatnya menjadi lebih matang dan kaya akan pengalaman tentang manajemen pemerintahan. Khususnya yang berkaitan langsung dengan tata kelola pemerintahan Otonomi Khusus (Otsus), seperti Aceh, DKI, DIY dan Papua sebagai Direktur penataan daerah dan Otonomi Khusus pada tahun 2016.
Berikutnya, selaku kepala pusat Inovasi daerah yang berkecimpung agar daerah berkreasi dalam menjalani roda pemerintahannya.
Setelah diwisuda sebagai doktor dalam bidang Ilmu Pemerintahan di almamaternya (IPDN), Dr Safrizal ZA, MSi mengemban amanah sebagai Direktur Manajemen Bencana dan Kebakaran pada Direktorat Jenderal Bina Administrasi Kewilayahan Kemendagri.
Setelah itu ia dilantik sebagai Direktur Jenderal Bina Administrasi Kewilayahan Kemendagri. Selama memangku jabatan tersebut Safrizal juga dipercaya sebagai Wakil Ketua III Satgas Penanganan Covid-19 Nasional.
